PC上でのCT画像解析、ImageJを用いて。
CTなどのDICOM画像は放射線技師さんに、ワークステーション(AZEやZiosoftなど)上で3D構築していただくことが当たり前になったが、数値解析など少し突っ込んだ処理をするときに、いちいちCT室にこもりっきりで行うわけにもいかない。
何かPC上でDICOM画像を解析する基本ツールを習得しておきたい。
以前眼振解析や免疫染色でも使用した、ImageJを使用し、air densityの面積計算、可能であれば、マクロ自動化し体積計算をしてみたい。
http://ja.wikipedia.org/wiki/ImageJ
放射線技師さんのInnervisonという雑誌に連載があった。
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Title:
ImageJで学ぶ実践医用・バイオ画像処理 ImageJによる領域抽出処理
Year:
2007
Journal:
INNERVISION
Volume:
22
Issue:
11
Pages:
105-107
オプションフィールド:
Abstract:
画像の領域抽出処理は、2値化あるいは2値画像処理と関連して頻繁に使用される画像処理である。画像内の特定の対象(臓器、組織、細胞、特定の病巣、特定の色を持つ領域など)をこの領域抽出処理によって取り出し、各種統計解析処理や特徴量の解析などにつなげるためにも精度の高い自動抽出機能が望まれる。ImageJでも代表的な領域抽出法がいくつか紹介されているが、その中でも、ユニークな動的輪郭モデル(スネーク)による領域抽出法を今回紹介する。(著者抄録)
Type of Article:
解説
ISSN:
0913-8919
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60回程度の連載、すぐ手に入ったもの2編と、以前の眼振解析で使用した経験から手探りで始めてみる。今回は篩骨蜂巣の体積を測るのが第一目標。
1.DICOM画像をフォルダからImage sequenceで連続画像として開く。開始画像番号など、指定できた。
2.3D可視化
Plugins->3D->Volume Viewerで3D画像を回転させたりできる。
pluginの一覧
http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/index.html
3.領域抽出
http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:segmentation:active_contour:start&s[]=snake
Active contour (Snake)というプラグインを使ってみる。
画像内を矩形などで選択し、plugins -> ABsnakeとする。赤い線が蛇のように伸びて面白いが、紙様板などのlow densityはedgeとみなさず、蛇が外へにげ出してしまう。ダメ。
やはりヒストグラムで最小値と最大値を指定するほうが確実だ。
http://hasezawa.ib.k.u-tokyo.ac.jp/zp/Kbi/ImageJ
http://www.hm6.aitai.ne.jp/~maxcat/imageJ/menus/analyze.html
image->adjust->threshold
なにもせんでもair densityだけ赤く抽出された！面積も出た感じ。範囲選択をすれば使えるかもしれん。
選択範囲内の赤面積の合計はでるので、それにスライス幅をかければ積分値が近似できるとして、
