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orl.wakayama-med 2.0

和歌山県立医科大学 耳鼻咽喉科・頭頸部外科

研究プラン:平岡 微生物群集解析とT-RFLP

サンプルを微生物群集解析に出す場合、同じサンプルをT-RFLPにも提出すれば、その後のサンプル解析が単純化できるか?

http://www.appliedbiosystems.jp/website/PDFOUT/109922
「T-RFLP実験の後にアプライドバイオシステムズのMicroSeq® 微生物同定用シーケンスキット」
「T-RFLP解析
DNA単離、精製、PCRによる増幅は、Jaci Batista博士(ラスベガス大学、ネバダ州)の協力のもとで行われました。

PCRのステップで用いた
フォワードプライマー( 5 ' - C A G G C C T A A C A C A T G -CAAGTC-3')はFAM®色素で、
リバースプライマー(5'-ACGGGCGGTGTGTACAAG-3’)はPET™色素でラベルしました。

ラベルされたPCR産物は精製し、制限酵素(AluIまたはHhaI)で消化しました。」

「消化したPCR産物の一部を20分の1に
希釈し、その一部(1μl)をGeneScan™ -
500 LIZ®サイズスタンダードと混合後、変
性操作を行います。次に、サンプルを
3130xl ジェネティックアナライザにより
FragmentAnalysis36_POP7ランモ
ジュールとG5ダイセットを用いて電気泳動
にかけます。」

http://www.j-bio21.co.jp/consal/microbecom.htm