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orl.wakayama-med 2.0

和歌山県立医科大学 耳鼻咽喉科・頭頸部外科

群集解析リンク

総合データベース
National Center for Biotechnology Information (NCBI) Nucleotide
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/
DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-j.html

16S rRNA遺伝子関連
Silva
http://www.arb-silva.de/
Ribosomal Database Project (RDP)
http://rdp.cme.msu.edu/
Greengenes
http://greengenes.lbl.gov/cgi-bin/nph-index.cgi

機能遺伝子関連
Functional Gene Pipeline/Repository (FGPR)

プローブ、プライマー設計
probeCheck
probeBase

アライメント、系統樹作成ツール
ARB
ClustalW
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
MUSCLE
PhyML
http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/
Mallard

群集解析ツール
mothur
http://www.mothur.org/
Fast UniFrac
http://unifrac.colorado.edu/
QIIME

引用改変;
http://www.jcm.riken.jp/JCM/staff/skato/links.html