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orl.wakayama-med 2.0

和歌山県立医科大学 耳鼻咽喉科・頭頸部外科

Variety—the Splice of Life—in Microbial Communities

archaea
古細菌
trajectory
軌跡
lineage
系統

harness A to Bの形で「AをBに付ける」

locus
遺伝子座
abundance frequency
度数分布

トランスポゾン (Transposon) は細胞内においてゲノム上の位置を転移 (transposition) することのできる塩基配列である。動く遺伝子、転移因子 (Transposable element) とも呼ばれる。DNA断片が直接転移するDNA型と、転写と逆転写の過程を経るRNA型がある。トランスポゾンという語は狭義には前者のみを指し、後者はレトロポゾン (retroposon) と呼ばれる。レトロポゾンはレトロウイルスの起源である可能性も示唆されている。レトロポゾンのコードする逆転写酵素テロメアを複製するテロメラーゼと進化的に近い。
転移はゲノムのDNA配列を変化させることで突然変異の原因と成り得、多様性を増幅することで生物の進化を促進してきたと考えられている。トランスポゾンは遺伝子導入のベクターや変異原として有用であり、遺伝学や分子生物学において様々な生物で応用されている。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%9D%E3%82%BE%E3%83%B3

CRISPR
cluster of regularly interspaced short palindromic repeats

http://www.symplus.com/legacy/pubmed-lsd/pmsearch?id=pmsearch&kwquery=CRISPR(cluster+of+regularly+interspaced+short+palindromic+repeats)

ファージ感染におけるThermus thermophilus CRISPR システムの発現プロファイル解析

http://www.thermus.org/meeting2009/abstract/y_agari.pdf
バクテリオファージは、細菌に感染すると、宿主
のシステムを利用して増殖する。 これに対して、細
菌は様々な防御機構を発達させてきた。 Clustered
regularly interspaced short palindromic repeat
(CRISPR) システムは、細菌における、ファージな
どの侵入DNA に対する防御システムの一つであり、真正細菌
の40%に、古細菌の90%に見いだされている。 本システムは、
パリンドローム様配列(リピート)が、ある一定の間隔(スペーサ
ー)で繰り返し存在するDNA領域;CRISPR (図1) と、CRISPR
の近傍に存在するCRISPR-associated (cas) 遺伝子群から成
る。 CRISPR スペーサー配列が侵入DNA 配列の一部である
場合、細菌はそのDNA に対して耐性を示す1 (図2)。 現在提
唱されているモデルによると、CRISPR 部分は、転写された後、
あるCas 蛋白質によってリピート部分で分解され、1 単位のスペ
ーサー配列を持つcrRNA が生じる。crRNA が侵入DNA に結
合し、それを別のCas 蛋白質が認識しDNA を切断する。 さら
に、CRISPR 領域に新たなスペーサー配列が挿入されるサブ
システムもある。 すなわち、本システムは真核生物における
RNAi システムに類似していると考えられている