swine flu to Influenza A(H1N1)
30 April 2009 -- From today, WHO will refer to the new influenza virus as influenza A(H1N1).
http://www.who.int/csr/disease/swineflu/en/
ディレクトリ名はswinefluのままですが。
CDCは、H1N1 flu(Swine Flu)としている。
http://www.cdc.gov/h1n1flu/index.htm
こっちはディレクトリ名も変えた。
そもそも1918年のスペインかぜを発祥とし、ソ連型とよばれながら、その亜型が毎年流行しているのがH1N1である。2009年にパンデミックを起こすとれば、新たに名称がつけられるに決まっている。現在の名称は暫定的なものだろう。
wiki/H1N1亜型
wiki/2009年豚インフルエンザの集団発生
合衆国の有病数を公開している。死者は1名だが、
PCRの手順まで公開されていた。
http://www.who.int/csr/resources/publications/swineflu/sequencing_primers/en/index.html
ただしPDFからの配列のコピーペーストは制限されている。
NCBIでは日々、株ごとに特定された配列をアップデートしてくれている。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/SwineFlu.html
4月15日、テキサス州で採集された検体では、塩基配列は以下の通り。
1 atggaagact ttgtgcgaca atgcttcaat ccaatgatcg tcgagcttgc ggaaaaggca
61 atgaaagaat atggggaaga tccgaaaatc gaaactaaca agtttgctgc aatatgcaca
121 catttggaag tttgtttcat gtattcggat ttccatttca tcgacgaacg gggtgaatca
181 ataattgtag aatctggtga cccgaatgca ctattgaagc accgatttga gataattgaa
241 ggaagagacc gaatcatggc ctggacagtg gtgaacagta tatgtaacac aacaggggta
301 gagaagccta aatttcttcc tgatttgtat gattacaaag agaaccggtt cattgaaatt
361 ggagtaacac ggagggaagt ccacatatat tacctagaga aagccaacaa aataaaatct
421 gagaagacac acattcacat cttttcattc actggagagg agatggccac caaagcggac
481 tacacccttg acgaagagag cagggcaaga atcaaaacta ggcttttcac tataagacaa
541 gaaatggcca gtaggagtct ctgggattcc tttcgtcagt ccgaaagagg cgaagagaca
601 attgaagaaa aatttgagat tacaggaact atgcgcaagc ttgccgacca aagtctccca
661 ccgaacttct ccagccttga aaactttaga gcctatgtag atggattcga gccgaacggc
721 tgcattgagg gcaagctttc ccaaatgtca aaagaagtga acgccaaaat tgaaccattc
781 ttgaggacga caccacgccc cctcagattg cctgatgggc ctctttgcca tcagcggtca
841 aagttcctgc tgatggatgc tctgaaatta agtattgaag acccgagtca cgagggggag
901 ggaataccac tatatgatgc aatcaaatgc atgaagacat tctttggctg gaaagagcct
961 aacatagtca aaccacatga gaaaggcata aatcccaatt acctcatggc ttggaagcag
1021 gtgctagcag agctacagga cattgaaaat gaagagaaga tcccaaggac aaagaacatg
1081 aagagaacaa gccaattgaa gtgggcactc ggtgaaaata tggcaccaga aaaagtagac
1141 tttgatgact gcaaagatgt tggagacctt aaacagtatg acagtgatga gccagagccc
1201 agatctctag caagctgggt ccaaaatgaa ttcaataagg catgtgaatt gactgattca
1261 agctggatag aacttgatga aataggagaa gatgttgccc cgattgaaca tatcgcaagc
1321 atgaggagga actattttac agcagaagtg tcccactgca gggctactga atacataatg
1381 aagggagtgt acataaatac ggccttgctc aatgcatcct gtgcagccat ggatgacttt
1441 cagctgatcc caatgataag caaatgtagg accaaagaag gaagacggaa aacaaacctg
1501 tatgggttca ttataaaagg aaggtctcat ttgagaaatg atactgatgt ggtgaacttt
1561 gtaagtatgg agttctcact cactgacccg agactggagc cacacaaatg ggaaaaatac
1621 tgtgttcttg aaataggaga catgctcttg aggactgcga taggccaagt gtcgaggccc
1681 atgttcctat atgtgagaac caatggaacc tccaagatca agatgaaatg gggcatggaa
1741 atgaggcgct gccttcttca gtctcttcag cagattgaga gcatgattga ggccgagtct
1801 tctgtcaaag agaaagacat gaccaaggaa ttctttgaaa acaaatcgga aacatggcca
1861 atcggagagt cacccagggg agtggaggaa ggctctattg ggaaagtgtg caggacctta
1921 ctggcaaaat ctgtattcaa cagtctatat gcgtctccac aacttgaggg gttttcggct
1981 gaatcgagaa aattgcttct cattgttcag gcacttaggg acaacctgga acctggaacc
2041 ttcgatcttg gggggctata tgaagcaatc gaggagtgcc tgattaatga tccctgggtt
2101 ttgcttaatg catcttggtt caactccttc ctcacacatg cactgaagta g
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/FJ966970
4月10日のScienceには、1918年流行のH1N1のタンパク結晶構造が発表されていた。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?Dopt=s&uid=70173
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19251591
- パンデミックとフェーズのシェーマ
Current WHO phase of pandemic alert
http://www.who.int/csr/disease/avian_influenza/phase/en/index.html
